日本外務省の報道発表によると、「ウクライナ
の首都の呼称をロシア語による読み方に基づく「キエフ」からウクライナ語による読み方に基づく「キーウ」に変更する」との事です。

その他の呼称についてもウクライナ語による読み方に変更するとして、例えば、ロシア語に由来する「チェルノブイリ」をウクライナ語の「チョルノービリ」に変更する事になりました。
こちらに"「ウクライナの地名のカタカナ表記に関する有識者会議」 報告"があります。ウクライナ侵略の戦況を伝えるTwitterアカウント「防衛省・自衛隊(@ModJapan_jp)」では既に一部で新呼称と旧呼称を併記しています(3月29日版はこちら。"チェルノブイリ"などは変わっていませんが・・・)。
【ウクライナ情勢🇺🇦3月29日時点】
— 防衛省・自衛隊 (@ModJapan_jp) March 29, 2022
ロシア軍は、一部地域において防勢に移行している一方、東部ドンバス地域においては占領地拡大に集中しているとの指摘があります。防衛省としては、関連動向を分析し、引き続き可能な限り共有していきます。 #防衛省・自衛隊 pic.twitter.com/rPnEeQ4CpX
外交文書では該当国からの要請を受けながら、各国の状況を踏まえて公式見解を持って対応する必要があるでしょう。
このような地名の問題は難しい課題だと思っています。本来は現地語自体を使うべきでしょうが、日本語用キーボードから打ち込めない場合もありますし、記事を読む場合も分り辛いので発音のカタカナ表記にすると複数の呼称が出ます。勿論これまでとの対応にも手間と時間が掛かります。
本部ブログ内では、Wikipediaの日本語表示と英語版(タイトル)表記を原則としていますが、記事の内容(特に画像など)との関係で現地語も併記するようにしています。